ありがとうございます。AIが質問内容のやり方を示してくれるのかと思っていました。使い方が間違っていたら申し訳ありません；
一応、下記のイメージです。不明点があればご指摘下さい。
■AIからの指摘についての返答
* 候補SEの選択方法はリスト、変数、どちらでも良いです。簡単な方を希望。
* ランダム選択のアルゴリズムは完全ランダムで良いです。
* プラグイン/スクリプトによる実装方法（たぶんこの方法しかないと思うのですが…）
以下、指摘の意味が不明？
* MV互換アニメーションの仕様に関する詳細（MV互換アニメのSEに関する設定を拡張したい）
* アニメーションデータの構造（MV互換アニメの仕様通りに作成されたデータ）
* スクリプトによるSE再生の可否（プラグイン、スクリプトで鳴らすという選択肢は可。）
■ムノクラ様からの質問について
1.候補SEの選定方法は、アニメーションごと、更にその中の「No.（フレーム）」にセットされたSEごとに、変えたいSEを、2～3個ほど用意しておくイメージです。BattleVoiceMZ.jsのアニメーション版のようなものを想像していました。
全てランダムにしたいわけではなく、同一フレームも含めて、特定のフレームのみを変更したいイメージです。
※例えば「SEだけを変えた同じアニメーション」を複数用意して、それらが、スキルを使用した時にランダムで、どれか一つが再生されるイメージです。
（仕様では、スキルに設定できるアニメーションも1つですが、こちらをランダムに選択できる方法があれば、この方法でも同じことが実現できると思いうので、この方法でも全く問題はありません。）
2.戦闘中のスキル等、マップ上の「アニメーションの表示」どちらも可能なら一番良いですが、どちらかと言われれば、戦闘スキルの方になります。
3.全てではなく、任意のフレームに設定されたSEのみを想定しています。（もし全ての場合は、SEが一つしか候補になければ、それが必ず再生されるようなイメージになると思います。）