＞全てランダムにしたいわけではなく、同一フレームも含めて、特定のフレームのみを変更したいイメージです。
これが満たせていませんが、他は概ね実現できたと思います。
お試しください。
回答を待っている間に、ちょっと手を付けていたので完成させてしまいました。
＞※例えば「SEだけを変えた同じアニメーション」を複数用意して、それらが、スキルを使用した時にランダムで、どれか一つが再生されるイメージです。
これの方が簡単なプラグインになったと思いますが、使ってみて不満でしたら、そちらにも挑戦してみます。
https://raw.githubusercontent.com/munokura/MNKR-MZ-plugins/master/MNKR_RandomSeMvAnmation.js